بر اساس گزارش خبرگزاری صحت خبر، دردهایی که بر امام چیره شده بود، پزشکان را به انجام معاینات دقیق واداشت. آنها تنها راه حل را در جراحی وی میدیدند. در تاریخ دوم خرداد ماه سال ۶۸، این جراحی انجام شد. در ابتدا، جراحان موفقیت عمل را اعلام کردند و از مردم خواستند در جهت بهبودی حال ایشان دعا کنند.
به نقل از جماران، آیت الله هاشمی رفسنجانی در خاطرات روزنوشت خود که به تاریخ دوم خرداد ۶۸ نگاشتهاند، به وضعیت امام خمینی اشاره کردهاند: در اول وقت تصمیم گرفتم با دفتر امام تماس بگیرم تا از زمان عمل جراحی مطلع شوم، اما موفق نشدم. سپس به جلسه علنی رفتم. پیش از شروع جلسه، نظرم را درباره ادغام وزارتخانههای دفاع و سپاه به نمایندگان اعلام کردم و جلسه را باز کردم و به آقای [مهدی] کروبی [نایب رئیس مجلس] سپردم.
سپس به سمت بیت امام حرکت کردم. در ساعت هشت و سی و پنج دقیقه به بیمارستان کناری بیت رسیدم. آقای خامنهای پیش از من آنجا بودند. امام تحت بیهوشی قرار گرفته و بر روی تخت عمل بودند. ما با استفاده از تلویزیون مداربسته، جریانات عمل را مشاهده میکردیم. مدت زمان عمل بیش از دو ساعت به طول انجامید و پزشکان رضایت خود را در طول عمل اعلام میکردند.
خانواده امام در آنجا حضور داشتند و صبر آنها از من بیشتر بود. بر آنها آرامشی خاص حاکم بود. آقای موسوی اردبیلی نیز به جمع ما پیوستند. بعد از عمل، امام به اتاق دیگری منتقل شد. از پزشکان، به ویژه دکتر [ایرج] فاضل، قدردانی کردیم. در این بین، سران سه قوه، احمدآقا، دکتر عارفی، دکتر فاضل، دکتر معتمد کلانتری و طباطبائی نشستی برگزار کردند. در این جلسه تصمیم بر این شد که عمل جراحی را به اطلاع عموم برسانیم و پزشکان نیز توضیحات لازم را ارائه دهند. سپس به منزل برگشتم و مشخص شد که آنها نیز از تجمع پزشکان و ما در بیت امام مطلع بودهاند.
بعد از آن به مجلس رفتم و کارهای دفتر خود را ساماندهی کردم. در عصر، شورای بازنگری [قانون اساسی] جلسهای داشت که در آن نام مجلس شورای اسلامی به جای مجلس شورای ملی تصویب شد، اما بحث درباره تعداد نمایندگان همچنان ادامه داشت. آیت الله خامنهای خبر دادند که جلسه ظهر با برخی اعضای شورا با موفقیت برگزار شده و درباره تمرکز در قوه اجراییه به توافق رسیدهاند.
تصمیم بر این شد که جلسهای فردا به عنوان شکرگزاری از رفع خطر از امام برگزار شود. تا ساعت نه شب در دفترم مشغول بودم و سپس به خانه آمدم.
۳۱۲۲۱۱