طبق گزارش خبرگزاری صحت خبر، مشکلات جسمانی که امام را تحت فشار قرار داده بود، پزشکان را وادار به انجام معاینات دقیق کرد. به نظر آنان، تنها راهحل، جراحی ایشان بود. در تاریخ دوم خردادماه ۶۸، عمل جراحی بر روی ایشان انجام شد. در ابتدا نتایج عمل مثبت اعلام شد و از مردم خواسته شد که برای بهبودی او دعا کنند.
به نقل از جماران، مرحوم آیت الله هاشمی رفسنجانی در یادداشتهای روزانه خود که در تاریخ دوم خرداد ۶۸ نوشته شده است، به بیماری امام خمینی اشاره کردهاند: صبح زود تصمیم داشتم تا با دفتر امام تماس بگیرم تا از زمان عمل جراحی مطلع شوم، اما نتوانستم. به جلسه علنی رفتم. قبل از جلسه نظر خود را درباره ادغام وزارتخانههای دفاع و سپاه با نمایندگان در میان گذاشتم. جلسه را آغاز کردم و آن را به آقای [مهدی] کروبی [نایب رئیس مجلس] سپردم.
به سمت بیت امام حرکت کردم و در ساعت هشت و سی و پنج دقیقه، به بیمارستان نزدیک بیت رسیدم. آقای خامنهای قبل از من آنجا بودند. امام تحت بیهوشی قرار داشت و روی تخت عمل بود. از طریق تلویزیون مدار بسته، انجام عمل را مشاهده میکردیم که بیش از دو ساعت به طول انجامید. حین عمل، خبر از رضایت پزشکان به ما میرسید.
خانواده امام نیز حضور داشتند و صبوری آنها از من بیشتر بود. آرامش خاصی بر آنها حاکم بود. آقای موسوی اردبیلی هم به ما ملحق شدند. امام به اتاق دیگری منتقل شد و ما از پزشکان، به ویژه دکتر [ایرج] فاضل، تشکر کردیم. سران سه قوه، احمدآقا، دکتر عارفی، دکتر فاضل، دکتر معتمد کلانتری و طباطبائی جلسهای برگزار کردند. تصمیم بر این شد که اطلاعات عمل جراحی را اعلام کنیم و پزشکان نیز توضیحات لازم را ارائه دهند. سپس به خانه برگشتم و متوجه شدم که خانواده امام از تجمع پزشکان و حاضرین در بیت خبر دارند.
به مجلس رفتم و کارهای مربوط به دفترم را انجام دادم. عصر همان روز، شورای بازنگری [قانون اساسی] جلسهای داشت. نام مجلس شورای اسلامی به جای مجلس شورای ملی تایید شد و بحث درباره تعداد نمایندگان به پایان نرسید. آیت الله خامنهای نیز اعلام کردند که جلسه ظهر با برخی از اعضای شورا موفق بوده و توافقی بر کیفیت تمرکز در قوه اجراییه حاصل شده است.
تصمیم گرفته شد که جلسهای به عنوان شکرگزاری و رفع خطر از امام فردا برگزار شود. تا ساعت نه شب در دفترم مشغول کار بودم و سپس به خانه برگشتم.
۳۱۲۲۱۱